在废弃工场，他和夏娃（eva）接头后，先后击败了眼镜蛇部队的数名成员，潜入格罗兹尼格勒要塞营救索科洛夫时被“引领者”俘获，并在遭受沃尔金的拷问时，为掩护夏娃被奥塞罗特误伤了右眼。

逃出格鲁乌的监狱后，他再次与夏娃接头，从她手中获得c3炸药，潜入要塞试图炸毁“峡谷虎”。成功击溃沃尔金、销毁了“峡谷虎”后，杰克怀着复杂的心情与“引领者”进行了最后的决斗，最终亲手杀死了自己的恩师，同时得知“引领者”其实是为了任务的成功和祖国的荣耀而假装背叛，牺牲自己留下骂名。于是，杰克完美地完成了任务，美国总统亲自授予他比“theboss”更高荣誉的称号――“大首领”（bigboss）。

此后大首领在越南参与lrrp（longrangereconnaissancepatrol），并在sog（specialoperationsgroup）、绿色贝雷帽和野鹅敢死队完成了超过70项任务。包括摧毁1969年底~1970年初由基恩（gene）领导企图打破美苏之间冷战的死亡半岛计划，期间救出罗伊?坎贝尔（roy?campbel）和在河内被逐出中国的夏娃，并带回弗兰克（frank，当时代号null，“完美战士”，幼年时就是人体实验对象，曾单刀杀死数十个士兵并获得杰克的帮助，也就是之后的grayfox灰狐）等人。回国后成为所有军人的偶像和传说中的英雄，并与零少校一起建立了“爱国者组织”（thepatriots），主要成员分别为零少校（majorzero）......杰克（bigboss）....夏娃（eva）....奥塞罗特（ocelot）......西金特（sigint，darpa局长）........克拉克博士（空降护理para－medic）...90年代初，他被任命为国际特种部队“猎狐犬”的总体计划指挥官。

随着时代发展和计算机网络的进步，爱国者组织的影响也越来越大，甚至能左右总统办公室。但在此期间，零少校成为自己权利和欲望的囚徒，他与杰克之间产生了隔阂。为保险起见，让爱国者组织的偶像形象得以不朽，零少校启动了“魔童计划”，制造了一个成功的克隆胚胎，其卵子来源于克拉克博士的助手，而代孕母亲是夏娃。这个胚胎后来诞生了三个克隆体，分别是索利德?斯内克（solid?snake)，利奎德?斯内克（liquid?snake），索利达斯?斯内克（solidus?snake）

1995年，大首领建立的由佣兵组成的武装要塞国家“世外天堂（outerheaven）”开始在国内开发一种新型大规模杀伤性武器，此事引起了北约国家的注意，决定召集猎狐犬部队对此事进行处理，但奉命出发的灰狐在潜入“世外天堂”的几天后即告失踪。为了破坏北约的后续计划，大首领特意派出了猎狐犬部队中的新兵大卫（solidsnake）继续执行任务，并给予他索利德?斯内克的称号，同时寄望于缺乏经验的斯内克的失败。但斯内克在当地抵抗组织的帮助下，成功摧毁r，粉碎了大首领的野心。此后，大首领逃到中亚并在桑给巴尔重新建立了势力。1999年，在他的命令下，桑给巴尔绑架了基奥?马尔夫博士，企图利用“欧利斯油藻”的研究成果和彼得洛维奇开发的新型r控制世界。然而斯内克再次破坏了他的阴谋，他本人也在最后的决战中被斯内克用打火机和易燃喷雾烧成半死，爱国者将杰克处于假死状态，仅以纳米计算机维持植物人的状态而活。

大首领的身体后来被美军收回，保存在冷库内，用于对战士基因分析和遗传强化士兵方面的研究，之后被夏娃和奥赛罗特盗出。在他们的帮助下深喉获得了自由（deepthroat，即grayfox灰狐，在桑给巴尔被索立德?斯内克击败后一直被克拉克博士作为人体实验对象），杀死了克拉克博士。在shadoriver（哈德逊河）事件之后，夏娃和奥赛罗特又秘密地把利奎德（liquid）和索利达斯（solidus）的血肉移植到大首领被烧毁的身上，但大首领仍在“爱国者”核心计算机jd和纳米计算机的控制下沉睡。最终，在奥塞罗特和夏娃以生命作赌注引诱大卫摧毁“爱国者”系统后，大卫在首领的墓前见到了大首领和零少校。大首领在墓地前杀死零少校，告诉了索立德关于爱国者的一切。最后大首领在引领者的墓碑前死于索立德身上携带的死狐病毒（foxdie）。